Минфин согласен с тем, что комиссию банка за открытие кредитной линии можно учесть в расходах целиком, если она установлена в абсолютном выражении, то есть в конкретной сумме. Тогда ее можно с легким сердцем списать на прочие расходы как оплату услуг банка (Подпункт 25 п. 1 ст. 264 НК РФ). А вот если комиссия выражена в процентах от величины кредита, то ее нужно отражать как проценты в пределах налоговых нормативов (Подпункт 2 п. 2 ст. 265, ст. 269 НК РФ).
От ответа на вопрос о том, как квалифицировать плату, если в договоре она указана одновременно и в процентах от величины кредита, и в твердой сумме (например, так: "1% от лимита кредитной линии, что составляет 1 000 000 руб."), Минфин ушел.
Письмо Минфина России от 29.08.2011 N 03-03-06/1/534
Получается, что единственный критерий для классификации такой платы для целей налогообложения - это в чем она выражена. Поэтому лучше указать в договоре исключительно (!) абсолютное выражение комиссии (столько-то рублей, но не процентов). В ином случае за возможностью целиком учесть плату в расходах, вероятно, придется идти в арбитраж. Шансы на успех велики: многие суды не согласны с Минфином (Постановления ФАС МО от 11.04.2011 N КА-А40/1664-11-2; ФАС СЗО от 15.06.2009 по делу N А13-9281/2008; ФАС ПО от 17.03.2009 по делу N А57-22510/2007).
В то же время не надо перебарщивать - если у вас размер комиссии будет составлять десятую часть от объема кредитной линии, то это, скорее, ростовщический процент, а не плата за услугу по оформлению банковской макулатуры.