По мнению ФНС, плательщик ЕСХН утрачивает право на применение этого спецрежима, если у него вообще отсутствуют в течение года доходы от реализации сельскохозяйственной продукции (а значит, не соблюдается нужная пропорция - минимум 70% таких доходов в их общем объеме) (Пункт 4 ст. 346.3 НК РФ).
Даже если причина более чем уважительная - полная гибель посевов из-за аномальных погодных условий.
Кстати, так же склонен трактовать Кодекс и Минфин: нет выручки - нет и спецрежима (Письмо Минфина России от 16.03.2011 N 03-11-09/12).
Письмо ФНС России от 27.07.2011 N ЕД-4-3/12168@
Для такой экстремальной ситуации и решения нужны соответствующие. Маловероятно, что посевы таких ЕСХНщиков уничтожены полностью. Хоть несколько тонн или даже килограммов урожая вполне можно собрать или "изыскать на стороне", с тем чтобы продать их, зафиксировать соблюдение ограничения и не добавлять себе к неурожаю еще одну напасть в виде перехода на общий режим. Маловероятно, что налоговики будут бороться с такими налогоплательщиками, даже если заподозрят что-то неладное.
ЕСХНщики, у которых отсутствует выручка, ради сохранения спецрежима могут и судебную тяжбу затеять - решения судов в их пользу имеются (Постановления ФАС ДВО от 21.04.2010 N Ф03-2288/2010; ФАС ПО от 05.04.2010 по делу N А72-16139/2009).