Инспекциям рекомендовано сразу уменьшать выявленные при проверке недоимки на сумму переплаты

Налоговая служба порекомендовала инспекциям при составлении решений по результатам налоговых проверок указывать в них не только обнаруженную недоимку, но и суммы, которые могут ее уменьшить. Так инспекторы будут поступать в двух ситуациях:
(если) у вас есть переплата по доначисленному вам налогу или по налогам, поступающим в те же бюджеты. Тогда инспекторы напишут в решении, что недоимку нужно заплатить "с учетом состояния расчетов с бюджетом на дату вступления решения в силу". Суды давно требуют от налоговиков поступать именно таким образом и не пытаться взыскивать недоимку вообще без учета переплат (См., например, Постановления ФАС ВСО от 20.01.2011 по делу N А19-12199/10; ФАС ДВО от 06.05.2011 N Ф03-1659/2011);

(если) вы верно рассчитали налог, но начислили его в более поздний период, чем следовало. В этом случае инспекциям рекомендовано указывать в описательной части решения не только на недоимку, но еще и на то обстоятельство, что она фактически была погашена в более поздний период. А в резолютивной части решения - указывать подлежащую уплате сумму пеней и недоимку уже с учетом уплаченной суммы налога (то есть в общем случае требовать уплаты только пени за период с момента, когда налог должен был быть уплачен, до момента его уплаты с опозданием).
Письмо ФНС России от 29.08.2011 N АС-4-2/14018

А вот когда доначисление инспекцией одного налога автоматически означает уменьшение другого (например, из недоимки по налогу на имущество возникает переплата по налогу на прибыль (Подпункт 1 п. 1 ст. 264 НК РФ)), указывать в решении по итогам проверки на такое уменьшение налоговики не хотят. В ФНС нашли отговорку: мол, подходящих строчек в форме решения для этого нет. Вместо этого инспекторам позволено (но они вовсе не обязаны) рекомендовать налогоплательщику подать "уточненки" по подлежащим уменьшению налогам. Это значит, что начисленную по итогам проверки недоимку инспекция потребует заплатить полностью, а вопрос с возникшей переплатой по другому налогу будет решать отдельно - после получения от вас "уточненки".
В многочисленных судебных решениях такая практика налоговиков при определенных обстоятельствах признается незаконной - доначислив один налог, влияющий на другой, инспекция обязана уменьшать базу по этому другому налогу (прежде всего имеется в виду налог на прибыль) (См., например, Постановление Президиума ВАС РФ от 06.07.2010 N 17152/09).

Налоговые проверки