По мнению Минфина, вступившие в силу с 1 октября 2011 г. поправки в НК РФ о том, что при продаже первоначальным кредитором долга НДС облагается только разница между полученным за долг и его номиналом (Пункт 1 ст. 155 НК РФ (новая ред.); пп. "а" п. 9 ст. 2 Федерального закона от 19.07.2011 N 245-ФЗ), лишь подтверждают, что такие операции до этой даты нужно было облагать в полном объеме - в сумме выручки от продажи долга (Пункт 1 ст. 153 НК РФ). Ведь получается, что ранее особенностей определения налоговой базы при продаже долга первоначальным кредитором не было, а значит, налоговую базу следовало определять в общем порядке.
Письмо Минфина России от 24.10.2011 N 03-07-11/286
Если ранее вы не платили НДС по подобным операциям с полной суммы выручки от уступки требования, то стоит быть готовым к доначислениям налоговиков в случае проверки - они не преминут воспользоваться возможностью доначислить НДС по таким операциям. Тем более что Минфин и ранее высказывал такое мнение (Письмо Минфина России от 06.10.2010 N 03-07-11/393).
И если сумма возможных претензий велика, то можете уже сейчас подбирать аргументы для спора - суды могут встать и на вашу сторону (Постановление ФАС СЗО от 09.08.2011 по делу N А56-52065/2010).