ВАС РФ разъяснил, что организации не имеют права на вычет НДС, уплаченного в составе части общехозяйственных расходов, приходящихся на долю операций, которые вообще не являются объектом по НДС. Такой "входной" налог надо включать в расходы (Пункт 2 ст. 170 НК РФ).
Оспаривая доначисление НДС, организация указывала на то, что Налоговый кодекс не устанавливает обязанности вести раздельный учет НДС по товарам (работам, услугам), используемым одновременно и для операций, не признаваемых объектом обложения НДС, и для облагаемых операций. Ведь если буквально читать п. 4 ст. 170 НК РФ, то раздельный учет необходим лишь тогда, когда товары (работы, услуги) используются как для облагаемых НДС операций, так и для операций, освобожденных от налогообложения, но являющихся объектом по этому налогу. А следовательно, вычет "входного" НДС по части общехозяйственных расходов, относящейся к операциям, не признаваемым объектом обложения НДС, вполне законен и не требует раздельного учета.
Однако ВАС РФ решил, что правило раздельного учета сумм "входного" НДС касается всех случаев, когда одновременно есть как облагаемые, так и не облагаемые налогом операции, в том числе и по причине отсутствия объекта обложения (Пункт 4 ст. 170 НК РФ). Ведь при операциях, не признаваемых объектом по НДС, как и при операциях, освобожденных от налогообложения, налог в бюджет не поступает. И получение вычета по любой из таких операций, по мнению ВАС РФ, противоречит положениям гл. 21 НК РФ.